Normalmente il nostro organismo vive in simbiosi, ossia in convivenza pacifica, con una grande popolazione batterica saprofita. Essa è in grado di utilizzare il materiale residuo della digestione, trasformandone una parte in sostanze utili all’organismo. Nella superficie intestinale che è di circa 300metri quadri, vive  un numero illimitato di batteri. Nell’intestino tenue ve ne sono alcune migliaia per centimetro quadrato, nel colon e nel retto 100.000.000 per centimetro quadrato. Se contenuta entro un equilibrio preciso, la flora batterica intestinale collabora al nostro stato di salute.

La sua funzione è :
• Limitare la crescita dei batteri dannosi
• Digerire sostanze potenzialmente patogene
• Favorire la riduzione del colesterolo
• Ridurre i processi fermentativi
• Facilitare la digestione e l’assorbimento
• Sintetizzare vitamine
• Modulare le funzioni immunitarie

Se questa flora batterica cambia e viene sostituita da una patogena, i prodotti della stessa sono tossici per l’organismo ed inoltre si modifica considerevolmente l’efficienza del nostro sistema immunitario. Nel tratto gastrointestinale, vengono infatti attivati circa il 20% di linfociti.
Queste cellule divenute così “immunocompetenti” migrano dall’intestino e si localizzano definitivamente in altri distretti corporei, pronte ad intervenire quando l’organismo ne ha bisogno:tratto respiratorio, ghiandola mammaria, tratto gastro-intestinale, tratto genito-urinario, ghiandole lacrimari e salivari.
La dieta, le infezioni, l’uso di farmaci (per es.antibiotici) stress, malattie infiammatorie, interventi chirurgici, l’età sono fattori che influenzano e possono modificare la microflora intestinale, alterando e provocando una condizione nota con il termine  di disbiosi intestinale, una vera e propria malattia, caratterizzata da alcuni sintomi ben definiti: cattiva digestione, gonfiore, stipsi, nervosismo e ansia, stanchezza mattutina, insonnia, candidosi vaginale, infezioni del cavo orale, aerofagia, meteorismo ed intolleranze alimentari.